Árið 2000 keypti Hvalamiðstöðin gamla sláturhús Kaupfélags Þingeyinga sem byggt var 1931. Húsinu var með því forðað frá niðurníðslu. Sauðfjárslátrun var hætt í húsinu um 1970 og stórgripaslátrun skömmu síðar. Frysting, kjötafgreiðsla og ýmis þjónusta á vegum KÞ var í húsinu allt fram undir 2000 en í lágmarki síðustu árin. Húsnæðið og staðsetningin, við höfnina þar sem umferð vegna hvalaskoðunar er mikil, henta starfsemi Hvalasafnsins vel.
Næstu tvö ár var húsnæðið gert upp og innviðir þess lagaðir að safnastarfsemi. Áhersla var lögð á að varðveita ytra útlit hússins og endurnýta allt það efni sem mögulegt var. Þannig var timbur úr vinnupöllum notað í gólf í fyrirlestrarsal, spíralar og aðrir hlutar frystikerfis voru notaðir í sýninguna og innréttingar og niðursuðudósir notaðar sem ljósaskermar í lýsingu á sýningu. Þeir frystispíralar sem ekki nýttust safninu voru gefnir hrossabændum í gerði. Safnið opnaði formlega í nýuppgerðu húsnæði í júní 2001. Sýningarrýmið er 1400 m2. Rými á jarðhæð voru áfram leigð út allt þar til árið 2015 þegar hugmyndir um annars konar nýtingu á þeim spruttu upp.

Fyrirlestrasalurinn fyrir breytingar

Gömlu frystiklefarnir sem nú hýsa sýningar safnsins

Smábátahöfnin árið 2000

Árið 2000 var haldið Hvalahátíð í Hvalasafninu sem hluti af 50 ára afmæli Húsavíkurkaupstaðar. Meðal annars var sett upp farandsýning í íþróttahúsinu á Húsavík sem hét „The whale and dolphin road show“. Sýningin innihélt uppblásna hvali í fullri stærð.