Rannsóknasetur Háskóla Íslands á Húsavík var opnað árið 2007. Setrið sérhæfir sig í rannsóknum á sjávarspendýrum og frá tilkomu þess hefur rannsóknum á Skjálfanda að mestu verið stýrt af Rannsóknasetrinu.
Viðfangsefni rannsóknanna er m.a. ljósmyndagreining, köfunartími og búsvæði. Rannsakendur hafa aðstöðu um borð í hvalaskoðunarbátum, þar sem þeir safna gögnum í daglegum ferðum, þar sem skráðar eru upplýsingar um þær mismunandi tegundir sem sjást í flóanum. Fjöldi, staðsetning og hegðun dýranna skipta rannsakendur miklu máli. Rannsóknirnar nú beinast að algengustu tegundunum í Skjálfanda; hnúfubökum, steypireyðum, hrefnum og blettahnýðum. Rannsóknarsetrið hefur verið í góðu samstarfi við Hvalasafnið allt frá fyrstu tíð. Rannsakendur hafa haft vinnuaðstöðu á efri hæð safnsins og hafa oftar en ekki deilt niðurstöðum sínum í sýningarrýmum safnsins og á hvalaráðstefnunni. Þá hafa margir þeirra haft hlutastarf í safninu á einhverjum tímapunkti.