Hvalaskóli Hvalasafnsins er verkefni sem miðar að því að fræða nemendur í leik-, grunn-, framhalds- og háskóla á svæðinu um hvali og lífríki þeirra við Ísland. 

Gera má ráð fyrir því að hver nemandi heimsæki Hvalaskólann þrisvar sinnum á sinni leik- og grunnskólagöngu, þegar hann er á elska stigi leikskóla, og tvisvar í grunnskóla; í 2. bekk og 5. bekk. 

Þannig fá nemendur verkefni sniðin að getu þeirra og þroska hverju sinni. Á þann hátt bætist við þekkingu nemenda í Hvalaskólanum hægt og rólega. 

Yngstu nemendurnir fá
auðveld verkefni sem byggjast á því að læra í gegnum leik og skoðun á umhverfinu, en sömu nemendur fá flóknari verkefni eftir því sem þau eldast, byggð á þeirri þekkingu sem þau hafa tileinkað sér áður í Hvalaskólanum.

Á árunum 2013-2019 var eitt sýningarrými safnsins tileinkað Hvalaskólanum. Þar mátti finna verk nemenda í elsta árgangi leikskólans Grænuvalla, 2. og 5. bekk Borgarhólsskóla á Húsavík og nemenda í vísindaensku við Framhaldsskólann á Húsavík.