Hvalaskóli Hvalasafnsins var stofnaður 2012 af Huld Hafliðadóttur þáverandi verkefnisstjóra safnsins. Hvalaskólinn er verkefni sem miðar að því að fræða nemendur í leik-, grunn-, framhalds- og háskóla á svæðinu um hvali og lífríki þeirra við Ísland. Þannig fá nemendur verkefni sniðin að getu þeirra og þroska hverju sinni. Á þann hátt eykst þekking nemenda á lífríki hvala stigvaxandi.