Þann 17. júní Árið 1998 flutti safnið í um 200 m2 rými á efri hæð “Verbúðanna” við höfnina undir nafninu “Hvalamiðstöðin á Húsavík”. Gestafjöldi óx jafnt og þétt og samhliða því þörfin fyrir stærra húsnæði sem hentaði starfsemi safnsins betur.